질의 “○○지구”의 토지 소유자들(법인2, 개인27)이 지구 내의 도시개발사업을 촉진하고 지목의 변경, 토지의 교환 및 분할, 형질변경, 공공시설의 설치공사를 목적으로 다음의 경과를 거쳐 도시개발법 제 13조에 의한 “○○지구 도시개발조합”을 설립하였음 - 2003. 4.11. 도시개발구역 지정 제안서 접수 - 2003. 6. 9. 구역지정 제안승인통보 - 2003.12.26. 충남도 도시 제위원회 심의 - 2004. 1. 5. 구역지정 및 개발계획 고시 - 2004. 4.28. 도시개발조합 창립총회 - 2004. 5.10. 법인설립등기 - 2004. 5.14. 고유번호 등록 - ××세무서 위 조합의 조합원 중 법인의 조합원 자격이 △△시로부터 제한되었기에 각 법인의 대표이사를 대리인으로 하여 각 법인의 대표이사가 조합원으로 가입되어 있음 시공사(갑)는 이 건 아파트공사에 대해서는 장기 도급공사계약이므로 공사진행률을 산정하여 공사수익을 인식하고 있음 한편, 당 조합의 정관 및 세칙에 따르면 “조합의 부담금(사업비)은 지구내에 있는 정리전 토지면적에 의하여 토지로 부담하며, 예산은 체비지 매각대금으로 한다”라고 규정되어 있음 따라서 조합의 청산 시점인 체비지 매각 시점까지 조합에는 운용 및 사업비가 없으므로 조합원 총회에서 조합원으로부터 소요자금을 연8%를 부담하는 조건으로 차입하여 청산시 감정가에 의한 체비지 매각대금으로 상환하도록 결의하였음 따라서 조합의 공사는 대부분 토목공사로서 사업초기에 대부분의 공사비용이 발생하며 실질적인 조합원인 두 개의 법인은 공사의 완공시점과 비슷한 시기에 조합이 청산되는 시점에 조합으로부터 체비지를 매각받아 기투입된 대여금과 상계 및 건설용지에 대한 자본적 지출로서 공사원가로 대체할 것임 대표이사가 조합원으로 등록되어 있는 2004년 10월 18일 자로 △△시장으로부터 착공신고필증을 교부받아 위 도시개발구역 지구내 A법인의 소유토지에서 아파트 건축공사를 개시하였으며 위 조합은 2004년 11월 중 목적사업을 수행하기 위한 토목공사에 착수하였음 한편, A법인의 아파트 공사개요는 다음과 같이 요약됨 ․ 건축공사 및 분양업무 - 시공사에 일괄계약(계약액 680억) → 건축공사의 진척에 관계없이 일정기간 단위(분양대금 입금일정)로 공사금액 청구 및 결제함 ․ 토목공사 - A법인이 직접공사(전액 하도급)(계약액 72억) ․ 기반시설(이에 따르는 토목공사 포함) 및 환지처분 - 위 조합 수행(A법인 부담 예정액 107억) ․ 기타 설계 감리비용 및 부대비용(계약액 20억, 부대비 예산 6억) A법인의 입장에서 요약하면 다음과 같이 공사가 진행됨 1. 건축공사의 실제 공사진행률과 공사비 청구액이 다를 경우 작업진행률 산정방법 및 건축공사비의 처리 (갑설) 토목공사가 전체 공사에서 차지하는 비중이 작지 않으므로 기존 국세청예규(서면 2팀-932, 2004. 5. 3.)를 적용할 수 없으며 실제 건축공사의 진행상황과 공사대금의 지급액이 상관관계가 없으므로 시공사의 실제 작업진행률에 의해 산정한 건축공사비를 발생 공사비로 하여 작업진행률을 계산하여야 하며, 이 금액을 공사원가에 산입 (을설) 위 갑설과 같이 작업진행률을 계산하지만 건축공사비 청구액은 전액 공사원가로 산입 (병설) 공사비 청구액 전액을 작업진행률 계산시 산입하며 공사원가에 포함 2. 조합에서의 체비지 매각대금은 법인의 입장에서는 법인 소유 건설용지에 대한 환지 및 토목공사 비용으로서 건설용지에 대한 자본적 지출에 해당하지만 실질적인 공사는 전체 아파트 단지의 공사초기에 집행되고, 그 공사비의 정산은 아파트의 준공시점에 이루어지는 경우 동 금액의 공사원가 산입방법 (갑설) 조합의 총 사업비가 일반 토목공사처럼 예측가능하며 결국 당 법인의 공사원가로 산입될 것이므로 당 법인의 건설용지를 작업진행률에 의하여 공사원가 산입하는 것과 같이 조합의 총 사업비 예정액에서 당 법인의 지분비율(토지비율) 상당액을 당 법인의 작업진행률을 적용하여 공사원가에 산입 (을설) 공사기간이 2년 이상 소요된다고 할지라도 그 비용은 조합의 청산 시점에 확정되므로 청산 시점에 공사원가에 산입하여야 함 회신 건축공사에 투입된 실제공사원가와 토목공사(하도급뿐만 아니라 도시개발조합이 행하는 토목공사 부분도 포함)에 투입된 실제공사원가, 당해 사업에 투입된 기타의 실제공사원가를 합하여 공사진행률을 산정하여야 하며, 건축공사 뿐만 아니라 토목공사의 경우에도 당기 청구액을 기준으로 공사진행률을 산정하는 것은 적절한 산정방법이 아님 다만, 시공주가 확인한 기성고 증명이 공사의 실제부분과 부합하고, 그 기성부분에 대하여 공사대금이 청구되어 그 대금의 지급이 확정되는 등 충분히 신뢰할 수 있는 경우에는 이를 공사진행률로 볼 수 있음